Untuk  menciptakan komunikasi yang  lebih efisien, fleksibel serta terintergrasi, PT.Barata Indonesia (Persero ) dalam struktur organisasinya menganut Matrix and Integrated System. Board of Directors yang menjadi tampuk utama organisasi dibagi menjadi tiga Direksi yakni Direktur Utama, DIrektur Keuangan dan SDM serta Direktur Operasi.

Tiga Dewan Direksi tersebut di dukung oleh dua kelompok besar yang terdiri dari Profit Center serta Supporting. Profit Center sebagai tulang punggung pencetak penjualan perusahaan dibagi menjadi lima divisii yakni, Divisi Industri, Divisi Konstruksi, Divisi Area serta Divisi Pemasaran 1 dan Divisi Pemasaran 2. Kedua Divisi Pemasaran tersebut dibentuk untuk memperkuat tim pemasaran PT Barata Indonesia (Persero) sehingga mampu menangkap dan memperoleh pasar sebanyak mungkin

Sementara untuk bagian Supporting yang  fungsinya sebagai pendukung Profit Center terdiri dari Biro Informasi dan Sistem Manajemen, Biro  Pengembangan Usaha, Biro Pengadaan, Biro Enjinering, Biro Keuangan dan Akuntansi, Biro Sumber Daya Manusia serta Sekretariat Perusahaan .

Dua Kelompok Besar tersebut dikontrol langsung oleh Satuan Pengawas Intern (SPI) yang bersifat Independen dan melaporkannya langsung kepada Direktur Utama.